A qué llamamos modelado comparativo de proteínas

El modelado comparativo de proteínas (MCP) es una técnica predictiva que permite obtener una aproximación de la estructura atómica de una cadena polipeptídica en base a estructuras conocidas de proteínas relacionadas (casi siempre homólogas), que en la jerga llamamos moldes o templates . Entre sus aplicaciones se incluyen desde el análisis del efecto de mutaciones hasta la predicción de ligandos y actividades catalíticas, en función de la calidad de los modelos, que a su vez depende de su semejanza con las estructuras molde utilizadas. En la siguiente figura se resumen las aplicaciones de los modelos comparativos, en base a su calidad promedio. En la parte inferior del diagrama se explica que cuando no hay templates disponibles queda la alternativa del modelado de novo (también se usa en la literatura el término ab initio ), que hasta la fecha ha demostrado construir modelos aceptables para secuencias de menos de 100 aminoácidos.

Figura 1.1: Posibles aplicaciones del modelado comparativo en función de los moldes usados. En rojo se muestra el esqueleto peptídico de los modelos, y en azul la estructura real. Figura tomada de Baker & Sali (2001).
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Bruno Contreras-Moreira
http://www.eead.csic.es/compbio