Fecha: 02/07/2021
Hora: 12:00

SEMINARIOS EEAD: La identificación in silico de motivos reguladores en regiones proximales de longitud variable: el melocotonero como ejemplo

Najla Ksouri (Personal Investigador en Formación, Estación Experimental de Aula Dei EEAD-CSIC, Departamento de Pomología, Grupo de Genómica de Frutales y Vid).

Título: La identificación in silico de motivos reguladores en regiones proximales de longitud variable: el melocotonero como ejemplo.

Fecha: Viernes 2 de julio de 2021, a las 12:00 h.

Posibilidades de asistencia: presencial o a distancia.

Lugar: Salón de Actos de la EEAD.

Para asistir, se ha habilitado una sala virtual (vía Conecta.CSIC), a la que se podrá acceder en este enlace (URL: https://conectaha.csic.es/b/ana-vea-ta6-wfy)

 


También es posible seguir la presentación en el Salón de Actos de la EEAD (máx. 10 personas). Para ello, las personas interesadas deben solicitarlo enviando un mail a esta dirección de correo @ desde donde se confirmará la posibilidad de asistencia en función de la disponibilidad de plazas.

Resumen:

   

La aclimatación de las plantas a factores ambientales implica una modulación de la expresión génica. Uno de los componentes claves implicados en el control de dicha expresión es la regulación transcripcional y dentro de ésta, son los denominados factores de transcripción (FTs) los que se encargan de llevarla a acabo de forma preferente.
Los FTs son proteínas que contienen un dominio de unión al ADN y caracterizados por la habilidad de reconocer y unirse a secuencias de ADN específicas, localizadas normalmente en los promotores de los genes. Los FTs unidos al ADN pueden activar o reprimir la transcripción de los genes.
En el melocotonero (Prunus persica), disponemos de mucha información sobre los FTs. Sin embargo, sus correspondientes sitios de unión, también conocidos como elementos reguladores cis, son en gran medida desconocidos.
Hasta la fecha, solo se han publicado dos experimentos de búsqueda de elementos reguladores en dos conjuntos de genes relacionados con el estrés (dehydrin and heat genes). En contraste con estos estudios, nosotros hemos diseñado un flujo de trabajo para la búsqueda in silico y la anotación de secuencias reguladoras a escala genómica.
Nuestra metodología requiere grupos de genes co-expresados y hemos analizado cuatro regiones promotoras en torno al sitio de inicio de la transcripción (TSS, 0 pb) para determinar el intervalo más informativo en cuanto al número, significación y localización de los motivos. Up 1: [−1,500 pb +200 pb], Up 2: [−500 pb, +200 pb], Up 3: [−500 pb, 0 pb] and Up 4: [0 pb, +200 pb].
En total, logramos identificar 77 motivos putativos y concluimos que la región Up 2 es la más informativa y recomendable para la predicción computacional de secuencias reguladoras.
La regulación transcripcional es sin duda un proceso muy complejo, pero confiamos en que nuestros resultados pueden contribuir a reducir la brecha de conocimiento.

 

 
 
   

 

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